Ученые научились определять функции генов быстрее, чем когда-либо
Благодаря новому высокопроизводительному подходуBoba-seq позволяет исследователям выявить функции ранее неизвестных генов путем экспрессии случайных фрагментов ДНК бактерий в клетках хозяина. Для этого фрагменты вставляются в плазмиды, помеченные уникальными ДНК-штрихкодами. При введении в бактериальные клетки-хозяева эти фрагменты проверяются на наличие новых признаков или активности. Использование штрих-кодов упрощает определение того, какие именно фрагменты придают определенные признаки.
Ведущий автор Адам Аркин, старший научный сотрудник Лаборатории Беркли, называет Boba-seq скачком вперед в функциональной геномике. Методика позволяет параллельно тестировать сотни тысяч фрагментов генов, что значительно ускоряет обнаружение функций генов. Например, Boba-seq позволил выявить новые признаки устойчивости к антибиотикам и понять особенности углеводного обмена у Bacteroidales, группы кишечных микробов.